Las plantas dan lugar a unas pequeñas flores que aparecen pegadas al tallo principal en los nudos, justo al lado de donde brotan las nuevas ramas y donde están adheridas las grandes hojas. Las primeras flores suelen aparecer alrededor del octavo o noveno nudo desde la base, cuando la planta ya ha formado doce o más nudos. (Esto puede variar ligeramente según la especie). Estas flores prematuras pueden aparecer incluso en el periodo de crecimiento antes de forzar la floración. Dado que no están bien formadas aún, son difíciles de sexar. Cuando se desarrollen, las sexaremos. Las flores de la marihuana son apétalas. Las hembras, como se ha dicho, forman una flor formada por un cáliz de color verde (calyx) de la que nace un filamento blanco que al formarse se abre en dos pistilos que forman una «v», que apunta hacia arriba. Las flores nacen adheridas al tallo. Algunas especies presentan los pistilos de color violeta. Cada cáliz está cubierto de glándulas de resina, al igual que los pequeños brotes. Las flores crecen tan juntas que forman cogollos cubiertos de pelos blancos(pistilos). La punta de la planta da lugar a la «cola», palabra castellana con la que en América denominan al conjunto de cogollos que al crecer tan juntos llegan a formar uno muy grande y alargado con forma de cola(el mayor cogollo y de más calidad). Las puntas de las ramas rincipales también forman colas pero de menor tamaño. Las hembras suelen ser más bajas y espesas. (Más ramificadas). A veces presentan un abultamiento en la base de las ramas, por donde estas se adhieren al tallo principal, antes de presentar flores. De todas formas solo la aparición de dichas flores nos asegurará la sexación. Cuando los cogollos están considerablemente formados, y aún no presentan ningún hilillo de color marrón, seria un buen momento para polinizar alguno de ellos con el objeto de obtener semillas. Para ello, hace falta que un poco de polen de un macho entre en contacto con el pistilo de la hembra. Ver polinización. Los machos, presentan unas flores, que prematuramente tienen el aspecto de dos bolitas verdes adheridas al nudo. Al formarse acaban colgando de un pequeño tallo y adquieren un tono más amarillento los cuales parecen diminutos melones, pues se advierten franjas más verdosas. Dichas bolas se abren en cuatro sépalos de los que cuelgan cuatro estambres amarillos como minúsculos plátanos. Estos están cargados de polen. El polen no tardará mucho en liberarse una vez la flor se haya abierto. Los machos forman racimos de bolitas que cuelgan hacia abajo. El polen es un polvo amarillo o blanquecino finísimo y flota en el ambiente, lo que hace que se propague con facilidad. Se deben apartar los machos de las hembras en cuanto se identifiquen las flores y antes de que estas se abran. Unas pocas flores pueden polinizar un «indoor» entero. Los machos suelen ser sacrificados aunque se pueden dejar madurar junto a una ventana o en un jardín, siempre que se encuentren alejados de nuestro sistema.
